На сегодняшний день лицом Хабаровска и всего Хабаровского края являются храм святителя Иннокентия Иркутского, кафедральный собор, а также храм-памятник Градо-Хабаровский Успенский собор. В 1869 году в устье реки Чардымовки была построена деревянная церковь, с которой началась история Свято-Иннокентьевского прихода. Купцы — А.Ф. Плюснин, по его инициативе взамен маленькой церкви Марии Магдалины и началось строительство церкви, М.И. Чардымов, а так же священник Иоанн Гомзяков — стали основными попечителями строительства. Шло строительство Свято-Иннокентьевского храма с 1868 по 1869 года. Оно велось силами войсковой постовой команды, отцом Иоанном Гомзяковым были сделаны царские врата. Во имя святителя Иннокентия Иркутского, епископ Камчатский Вениамин 23 июня 1870 года освятил сооруженный храм.
В 1869 году перед Благовещенской Духовной Консисторией Александр Протодиаконов — протоиерей Успенского собора, ходатайствовал о разрешении строительства в Хабаровске на месте деревянного храма, новой каменной церкви. Разрешение было получено, и в тот же год 5 августа создали строительный комитет, которым руководил А.А. Рассушин. Купцы и простые жители стали главными благотворителями строительства.
Солдатскими силами местного гарнизона строили церковь, и закончили в короткие сроки. Здание было возведено под крышу в 1898 году, колокольню и пятиглавие куполов выстроили к осени, колокольню из 12 колоколов установили в октябре. В день Собора Архистратига Михаила, 8 ноября 1898 года была освещена Градо-Хабаровская Свято-Иннокентьевская церковь.
Штаб Приамурского военного округа, местный лазарет, Топографический отдел, Управление воинского начальника и команды, аптечный и вещевой склад, были причислены к Иннокентьевской церкви. Дом причта и, построенное после 1893 года, здание лечебницы, вошли в комплекс зданий Иннокентьевской церкви. Сохранилось кладбище при церкви.
Несмотря на огромные трудности, последний настоятель до закрытия Свято-Иннокентьевского храма — иерей Виктор Козловский и дьякон Иоанн Михайлов, вели службы и в дни революционных событий, а так же в период Гражданской войны. Здание Иннокентьевского храма с имуществом в 1930 году отдали обновленцам. Они подали заявление в комиссию в 1931 году, с просьбой вместо Свято-Иннокентьевской церкви получить Михаило-Архангельскую. Просьбу удовлетворили, 31 июня 1931 года ликвидировали Иннокентьевскую церковь, а здание передали для ведения горсовета. В оскверненном виде храм пребывал многие десятилетия.
Устав о воссоздании прихода церкви святителя Иннокентия Иркутского был зарегистрирован 5 июня 1991 года. Участие в крестном походе к Иннокентьевской церкви приняли сотни людей. Ю.Н. Кривопуск стал ведущим инженером. С 1995 года началась деятельная реставрация. В 1998 году храм святителя Иннокентия Иркутского сиянием куполов встретил свое столетие. На звоннице появились двенадцать куполов стараниями В.Г. Фукалова в 1999 году.
Алексий II во время визита на Хабаровскую землю в мае 2000 года, посетил храм, ознакомился с его священством, историей и прихожанами. А также икону Иисуса Христа преподнес в дар. Епископ Хабаровский и Приамурский Марк 5 июня 2002 года совершил торжественный чин освящения восстановленного храма святителя Иннокентия Иркутского.
